Allereerst, de hypotheekaftrek is geregeld in de Wet Inkomstenbelasting uit 2001. Deze wet wordt afgekort als de Wet IB2001. In deze wet wordt belasting geregeld die men betaalt over het inkomen. Het standpunt binnen deze wet is dat de werkgever op basis van een staffel iedere werknemer voor een zelfde gestaffeld bedrag belast. De werkgever hoeft daarbij niet te bekijken of de werknemer in aanmerking komt voor bepaalde heffingskortingen en andere fiscale voordelen. Hoewel de hypotheekaftrek, die voluit hypotheekrenteaftrek heet, geen heffingskorting is, wordt deze wel door de werknemer zelf aangevraagd. Het is immers ondoenlijk voor een werkgever - en daarnaast ook gevoelig voor vergissingen of fouten - voor iedere individuele werknemer aan te geven of deze, en dan ook nog eens zo ja voor hoeveel, hypotheekaftrek hij in aanmerking komt.
Als stelregel kan worden aangenomen dat er voor hypotheekaftrek een loondienstverband moet bestaan waarbij de werkgever loonheffing en sociale premies voor de werknemer afdraagt. Wordt dit niet gedaan dan bestaat er geen recht op hypotheekaftrek. Er is echter een uitzondering op deze situatie. Dit is de zelfstandig ondernemer die werkzaam is in een eenmanszaak of VOF.
De eenmanszaak en de VOF zijn ondernemingsvormen waarbij de ondernemer zijn privé en zakelijk vermogen, maar ook de kosten niet van elkaar kan scheiden. Alles wordt in privé belast. Dit is een vreemde situatie wanneer er sprake is van een de Wet IB 2001. Bij een ondernemer wordt namelijk pas aan het einde van het jaar een opgave gedaan van het verdiende inkomen. En zo ontstaat een situatie waar de aanvraag van hypotheekaftrek gebaseerd is op een schatting. Dit is erg gevaarlijk omdat het fiscaal strafrecht kan spreken van het opzettelijk doen van een onjuiste belastingaangifte. Het is daarom absoluut aan te raden wanneer u ondernemer bent, uw hypotheekaftrek samen met uw boekhouder of accountant aan te vragen. U blijft zelf verantwoordelijk voor de aangifte, maar heeft wel deskundige hulp van een adviseur die weet hoe de belastingdienst tegen (met name) de maandelijkse teruggaaf van hypotheekaftrek voor een ondernemer aankijkt.